按照中央治理“小金库”工作领导小组统一部署，根据《2011年“小金库”专项治理工作实施方案》安排，卫生部治理“小金库”和财务检查工作领导小组办公室及时研究方案，召开座谈会，发放征求意见表，听取有关单位和个人对下一步治理工作的意见建议，在此基础上，研究制定了《卫生部2011年“小金库”专项治理工作方案》并于4月2日印发。4月7日，在卫生部属（管）单位经济管理会议上对“小金库”专项治理工作进行了专门部署。卫生部党组书记张茅强调各单位要高度重视，按照中央和我部的部署，以专项治理工作机构不撤、队伍不散、力度不减的要求，全力推进工作，全面完成各项任务。卫生部治理“小金库”和财务检查工作领导小组组长、副部长陈啸宏要求各单位继续落实“小金库”专项治理工作任务，并以此为契机，大力查找经济管理工作中存在的问题，认真抓好整改落实，建立防治腐败和“小金库”的长效机制。卫生部治理“小金库”和财务检查工作领导小组组长、中央纪委驻卫生部纪检组组长李熙布置了2011年“小金库”专项治理工作。4月8日，卫生部治理“小金库”和财务检查工作领导小组办公室又专门召开了社会团体和公募基金会“小金库”专项治理工作布置会。
今年卫生部专项治理工作，有三个特点：
        一是明确问责的时间界限。在印发的方案和布置会议领导讲话中都明确规定，下属单位复查期间发现的“小金库”问题予以及时纠正的，原则上视为自查自纠，适用从轻、从宽政策。如果卫生部组织督导抽查发现的“小金库”问题将从重、从严处理。对复查不重视、走过场甚至失职渎职的，严格执行问责制，将予以通报批评并责令其重新复查，还将依据有关法律法规，严肃追究责任。
       二是重点检查“零申报”单位。“零申报”单位可分为两种情况：一种是确实没有设立“小金库”单位，另一种是自查不到位，没有及时清理出来的单位。后一种情况隐蔽性强、危害性大，需要认真检查。为做好今年的“小金库”治理工作，今年3月，卫生部抽调专业人员20余人组成3个检查组，对纳入“小金库”专项治理范围的5家单位开展了审计调查，了解去年专项治理效果。调查情况显示，有4家去年“零申报”单位仍然发现了“小金库”。由此可见，彻底清理“小金库”的任务依然十分严重。因此，将“零申报”单位作为今年检查的重点。
      三是及时给予政策宣传和技术指导。结合这两年审计署和卫生部组织检查发现的共性问题，近期编发了《卫生部属（管）医院“小金库”问题及表现形式》和《卫生部主管的社会团体和公募基金会“小金库”问题及表现形式》等技术指导材料，指导有关单位开展治理工作。另外，加大宣传力度，卫生行业的主要报纸《健康报》和卫生部网站均及时刊发了小金库治理工作情况。