2003年，医院组建成立儿童先天性心脏病介入诊疗中心，该中心2006年经中国医师协会批准后成为中国医师协会先心病介入治疗培训基地。该基地是中国最早的先心病介入诊疗培训基地之一，也是西部唯一的国家级心脏介入技术诊断治疗培训中心。目前中心已累计完成3000余例复杂型先心病诊断手术和室间隔缺损VSD、房间隔缺损ASD、动脉导管未闭PDA、肺动脉瓣狭窄PS介入intervention治疗病例1000余例，现已成为国内八大心脏介入诊疗中心之一，总体地位处于国内儿科领域的第三位。